סבב המינויים ופרישתו של יגאל אלון

בחודשים אוקטובר-נובמבר 1949 הוחל בביצוע סבב מינויים במטה הכללי של צה"ל ובו מונה ייגאל ידין כרמטכ"ל במקום יעקב דורי, ומשה דיין מונה כמפקד חזית (פיקוד) הדרום במקומו של יגאל אלון. בשעה שנכנס לתוקפו מינוי זה (ב- 10 באוקטובר 1949) שהה יגאל אלון בסיור לימודים בצרפת והמינוי הפתיע את מיפקדת חזית הדרום ובכלל זה את יצחק רבין, שהיה אז ממלא מקומו של אלון. על הדחתו מתפקיד מפקד חזית הדרום נודע לאלון מפי קצין צרפתי ממארחיו. מאחר שלא קיבל הודעה רשמית מצה"ל, החליט אלון להמשיך את סיורו כמתוכנן.
האופן בו התבצע המינוי (או ההדחה) בפיקוד חזית הדרום הותיר רושם קשה בקרב יוצאי הפלמ"ח בפיקוד הבכיר, שראו בכך ביטוי לזלזול ולעוינות כלפיהם מצד ראש הממשלה ושר הביטחון, דוד בן-גוריון. יגאל אלון שימש כמפקדו האחרון של הפלמ"ח, ועתה חשו רבים מבין יוצאי הפלמ"ח, כי בן-גוריון מתכוון "לנקות" את הצבא מכל מי שאינו הולך בתלם שלו. בסוף נובמבר 1949 שב יגאל אלון לארץ והיה עליו להחליט על המשך דרכו בצה"ל. לאחר שנפגש עם בן-גוריון ועם הרמטכ"ל החדש, ידין, בחר אלון לפרוש מן השירות הפעיל בצבא ואת נימוקיו פירט במכתב לרמטכ"ל (מ- 26 בדצמבר 1949). לטענתו, הטיל בן-גוריון ספק בנאמנותם לביטחון המדינה של כמה מחבריו לפלמ"ח ולתנועה (מפלגת הפועלים המאוחדת-מפ"ם) ועל רקע זה יש להבין גם את הדחתו שלו, שאת אופן ביצועה כינה אלון במכתבו "גס ומזלזל". נוכח התנגדותו לתפיסת בן-גוריון, בה ראה סכנה לעתיד הצבא ולאימון החיילים, הסתבר לאלון כי לא יוכל לפעול בצבא מתוך סיפוק ואמון ולכן החליט לפרוש.
הדחתו של אלון מפיקוד דרום אירעה זמן לא רב לאחר שפורקה האחרונה מבין חטיבות הפלמ"ח, חטיבת הנגב (ספטמבר 1949) ולאחר שנאסרה השתתפות יוצאי הפלמ"ח המשרתים בצבא בכנס הפלמ"ח (ב- 14 באוקטובר 1949). כל האירועים הללו גרמו להעכרת האווירה בקרב יוצאי הפלמ"ח בפיקוד הבכיר ולהרגשה שמתנכלים להם ואין רוצים בהם עוד. לאחר שפורק מטה הפלמ"ח וחטיבותיו התפנה בן-גוריון - כפי שסברו - לסלק אותם באופן אישי.