התחושה הקשה של אנשי הפלמ"ח בכנס הפרידה

גם ללא העונשים הותירה הפרשה רושם קשה בקרב אנשי הפלמ"ח. איסור ההשתתפות והזימון לשיחת הבירור התקבלו כעלבון והתפרשו כשימוש של בן-גוריון באמצעים צבאיים להשגת מטרות פוליטיות. ההתמרמרות נבעה בין היתר מתחושה כי קיימת נקמנות קטנונית כנגד הפלמ"ח - הלוא בן-גוריון קיבל את מבוקשו ופירק את הפלמ"ח על מטהו ועל חטיבותיו ואף הרחיק את רוב מפקדי הפלמ"ח מהפיקוד הבכיר של צה"ל, ובכל זאת הוא מתעקש גם לאסור על אלה שנותרו בשירות להשתתף בכינוס חברים. בן-גוריון ותומכיו ראו בפרשת הכנס הוכחה נוספת לטענתם נגד חוסר המשמעת בקרב אנשי הפלמ"ח והעדפתם את סמכות המפלגה (מפ"ם) על פני סמכות הצבא.
למרות שפירוק הפלמ"ח היה בבחינת עובדה מוגמרת חודשים רבים לפני הכנס, הוסיפה פרשה זו והעכירה את היחסים המעורערים בלאו הכי בצמרת המערכת הביטחונית ובעקבותיה פרשה מצה"ל קבוצה גדולה של קצינים מיוצאי הפלמ"ח.