הצטרפות 'המוסד לעלייה ב'

באוגוסט 1948 הצטרף 'המוסד לעליה ב' לפעולת אנשי 'שורות-המגינים' בארגון הברחת המעפילים. בראש המבצע עמדו אנשי משלחת הפלמ"ח, יצחק קרלינסקי וישעיהו ברות, שעברו לפעול עם 'המוסד' בעקבות העברת האחריות על 'שורות-המגינים' למשלחת צה"ל. שיטת הפריצה השקטה של הגדרות בלילות להברחת קבוצות גדולות הועדפה על הברחתם במנהרות. המועמדים לבריחה עברו קורס מיוחד שכלל אימוני שדה יעודיים של פריצת גדרות ומעבר מכשולים, תנועה שקטה בלילה והתמצאות בשטח. הבורחים הגיעו למקומות ריכוז שנקבעו מראש, עלו לספינת הדיג 'נרקיס' ("המיוחדת") והפליגו לארץ. בשיטה זו פרצו מהמחנות במחצית השנייה של 1948 כ- 880 מעפילים. למעלה מ- 400 איש מתוכם הוברחו לארץ, והיתר נתפסו בידי הבריטים או הוחזרו בהוראת 'המוסד' למחנות, ערב סגירתם, לקראת עלייתם החוקית. באחד ממבצעי הבריחה עלתה קבוצת מעפילים על מארב של סיור בריטי, והמעפיל שלמה חיימזון נורה ונהרג.
בזכות המנהרות, מבצעי הבריחה וההעפלה, הצטרפו מאות מעפילים שיצאו ממחנות המעצר ליחידות הלוחמות של ה'הגנה' וצה"ל במלחמת העצמאות.