הנחת היסודות לשיתוף הפעולה

המסד לשיתוף הפעולה בין הפלמ"ח ל'מוסד' בנושא ההעפלה הונח במחצית השניה של שנת 1942. באותה עת הגיעו לארץ-ישראל הידיעות הראשונות על השמדת יהודי אירופה. בתקופה זו נערכו במקביל במטה הפלמ"ח וב'מוסד' דיונים על אירגונה של עלייה בלתי ליגאלית בממדים גדולים. אחת התוצאות המעשיות של דיונים אלה הייתה ההחלטה לפתוח את הקורס הימי הראשון של הפלמ"ח בינואר 1943 להכשרת אנשי-ים מהפלמ"ח, כדי שיפעילו את אוניות המעפילים שיאורגנו בידי 'המוסד'. האירגון, ההדרכה והתקציבים היו משותפים לפלמ"ח ול'מוסד'. דוד (דוידק'ה) נמרי מילא תפקיד בשני הגופים כאחד - כסגן מפקד הפלמ"ח ומראשוני ה'מוסד', והיה הדמות הדומיננטית ביצירת הקשר ובתיאום העבודה ביניהם.
ראשוני חברי הפלמ"ח החלו לעבוד ב'מוסד' באירופה בשנת 1945. עם התגברות העלייה הבלתי ליגאלית, הצטרפו למלאכה במהלך שנת 1946 עשרות אנשי פלמ"ח בכל תפקידי הביצוע שנדרשו למפעל ההגירה המחתרתית בארצות השונות. צעירים אלה, שלרבים מהם עוד לא מלאו עשרים, גוייסו לשירות ה'מוסד' ותיפקדו כנהגים ומאבטחי שיירות פליטים שהובלו למחנות שמהם יצאו להפלגות, כמדריכים במחנות אלה, כעובדי מטה 'המוסד', כבעלי מלאכה בהתקנת אוניות המעפילים לקראת צאתן ליעדן, כמאבטחים של מבצעי ההפלגה, כמפקדי האוניות, כמלווי אוניות וכ'גדעונים' (קשרים-אלחוטנים). בארץ שיתפו הפלמ"ח ו'המוסד' פעולה בקבלת אוניות המעפילים שהצליחו להבקיע את המצור הבריטי.