חיכוכים וקשיים בין אנשי הפלמ"ח לאנשי המוסד

רשמית היו חברי הפלמ"ח כפופים למרות 'המוסד' משעה שגוייסו לעבודת העלייה. אולם לעיתים הם התקשו לקבל את סמכותם ובכירותם של אנשי 'המוסד', בפרט בדרגי הביניים שהיו מופקדים עליהם ישירות. כמו בתחומי פעולתו האחרים, שאף מטה הפלמ"ח גם כאן ליצור מסגרת פיקודית אוטונומית. מפקדי 'המוסד' דחו שוב ושוב מגמה זו וסירבו לתת גושפנקא לקיומו של פיקוד כפול.
המגמות הסותרות יצרו מתיחות וגרמו לחיכוכים שפרצו מפעם לפעם בין חברי הפלמ"ח לבין אנשי 'המוסד' באירופה. מלווי האוניות מהפלמ"ח התלוננו לעתים על אופן הכנת ההפלגות, על ציוד לא מספק, על מזון גרוע שאינו מתאים למסע בים, ועל הוראות מעורפלות ומוטעות של אנשי 'המוסד' שהיו אחראים לשילוח האוניות. אנשי 'המוסד' שהיו לרוב בוגרים בגילם ובניסיון חייהם מחברי הפלמ"ח, התרעמו לא אחת על רמתם האישית ועל כישוריהם הימיים והפיקודיים של הפלמ"חאים שנשלחו לאירופה. בפרשת ההתנגדות באוניות המעפילים הגיע המתח בין 'המוסד' לפלמ"ח לשיאו.
על אף הקשיים הללו, השכילו הפלמ"ח, שהיה במהותו גוף צבאי, ו'המוסד' שהיה גורם אזרחי מיסודו, לשתף פעולה ולהתגבר יחד על המכשולים הרבים שעמדו בדרכם להגשמת מפעל ההעפלה.