התפטרותו של בן גוריון וקבלת דרישותיו

ב- 6 ביולי 1948 התפטר דוד בן-גוריון מתפקידיו כראש הממשלה ושר הביטחון, כתגובה למסקנות ועדת השרים שדנה במשבר הפיקוד העליון של צה"ל. הוועדה, שכונתה 'ועדת החמישה', המליצה על חלוקה של תפקידים וסמכויות בצמרת מערכת הביטחון, שתאפשר את המשך ניהול המלחמה באופן הטוב ביותר. בן-גוריון הגיש את התפטרותו עוד בטרם קיימה הוועדה את ישיבתה האחרונה, כאשר הבין את הכיוון שבו מתגבשות המלצותיה. במכתב התפטרותו הותיר בן-גוריון פתח ברור להמשך כהונתו כראש ממשלה ושר ביטחון, אם הוועדה תבטל לאלתר את מסקנותיה. הוא היתנה את ביטול התפטרותו באי התערבות הוועדה ובגניזת המלצותיה.
אחדים מאנשי הפיקוד הצבאי ומחברי ועדת החמישה היו מוכנים להשלים עם פרישתו של בן-גוריון, אולם הרוב, שחשש מפני הסתלקות המנהיג הסמכותי ערב חידוש הקרבות, היטה את הכף לכיוון הפשרה. ישראל גלילי, עוזרו של בן-גוריון, שהצטרף לראשי האגפים במטכ"ל ש"מרדו" והתפטרו ובכך יצרו את הרקע להקמת וועדת החמישה, היה מוכן להתפטר כעת, ובלבד שבן-גוריון ישוב למישרתו. גם הוא, כמו רוב הפוליטיקאים ואנשי הצבא, לא היה מוכן לקחת על עצמו את האחריות לפרישתו של בן-גוריון באמצע המלחמה. בן גוריון קיבל את מבוקשו בעניין נוסף: יגאל אלון, מפקד הפלמ"ח, שהיה אמור להתמנות למפקד חזית המרכז - מינוי שבן-גוריון התנגד לו- מונה כמפקד מבצע 'דני' (כיבוש לוד- רמלה ופרוזדור לירושלים), אולם מינויו כראש חזית נדחה. בישיבת הממשלה ב- 11 ביולי התקבלו שאר דרישותיו של בן-גוריון.
ישנם היסטוריונים, הסבורים כי בן-גוריון נהג ליצור משבר ברגעים קריטיים ובדרך זו לאלץ את האנשים לקבל את תכתיביו (כך גם טען ראש אגף המבצעים, יגאל ידין, בעדותו לפני הוועדה). בפרשה זו הצליח בן-גוריון לתמרן את גלילי החוצה ומימש את מעמדו הדומיננטי במערכת הביטחון. נצחונו של בן-גוריון השלים את מהלכיו לשינוי אופיו של פיקוד הצבא ומקור סמכותו ושל מבנה שרשרת הפיקוד שלו. הצבא יהיה מעתה ריכוזי, אחיד וממלכתי, כפוף למקור סמכות אחד. לפלמ"ח, שנתפס על ידי בן-גוריון כיחידה בעלת ציביון מפלגתי ומורשת פסולה של ימי היישוב, לא היה מקום בצבא כזה.