העימות והפשרה בפרשת חטיבת הנגב

בן-גוריון דרש כפיפות ישירה של מרחב הנגב למטה הכללי. הוא שאף לכך שבנגב תוקם חטיבה מרחבית חדשה (דוגמת שש החטיבות המרחביות שקמו באזורי הארץ האחרים) ושכל אנשי הפלמ"ח המשרתים בנגב יהיו חלק ממנה - ובכך ינותקו משייכותם לפלמ"ח.
בניתוק זה ניתן לראות תחילתו של תהליך שיוביל בסופו של דבר לפירוק הפלמ"ח. בין חוקרים שונים חלוקות הדעות לגבי כוונותיו של בן-גוריון בשלב זה. בכל מקרה עוררה תוכניתו התנגדות חריפה מצד מפקדי הפלמ"ח. שמירת הזיקה בין כוחות הפלמ"ח בנגב לבין מטה הפלמ"ח היוותה בעיניהם אבן בוחן למעמדו של הפלמ"ח בכלל.
בן-גוריון סבר כי יש להקים מייד את מטה החטיבה ולמנות למפקדה את שלמה שמיר, קצין מיוצאי הצבא הבריטי המקורב למפא"י. דרישה זו עוררה התנגדות קשה במטה הכללי וגם מחוץ לצבא. מינויו של מי שהיה בצבא הבריטי נתפס כאיום על מעמדם של מפקדים שצמחו ב'הגנה', ועובדת היותו בעבר חבר מפא"י נתפסה כניסיון לצמצם את השפעתם של מפקדים בכירים שנמנו עם חברי מפ"ם.
העימות שנוצר בין בן-גוריון למטה הפלמ"ח נפתר באמצעות פשרה שהציע ראש המיפקדה הארצית, ישראל גלילי. לפי הפשרה, תוכפף חטיבת הנגב (שקמה באופן רשמי רק ב- 12 במרס 1948) ישירות למטכ"ל בכל הקשור לצד המבצעי, אך זיקתה למטה הפלמ"ח תישאר בכל הקשור בחיול ובהכשרת מפקדים. נחום שריג מונה כמפקד החטיבה.
יש היסטוריונים הטוענים כי כבר בשלב זה חתר בן-גוריון לפירוק הפלמ"ח, והתנגדותו של גלילי לפגיעה בסמכויות מטה הפלמ"ח חיזקה את חשדותיו בדבר קיומה של ברית פוליטית בין הפלמ"ח (ה"שייך" כביכול למפ"ם) לבין גלילי, ו"ברית" זו הייתה בסיס ההתנגדות לתוכניותיו.
בפועל, היוו פרשת חטיבת הנגב ומינוי מפקדה את הפתיח לתהליך פירוק מטה הפלמ"ח.