הפקודה לפירוק מטה הפלמ"ח
בן-גוריון הכין את הרקע לפירוק הפלמ"ח בשני מישורים: במישור הצבאי חתר להוכיח שמטה הפלמ"ח התרוקן מתפקידיו ועל כן יש לפרקו כמסגרת שחלף זמנה. במישור הפוליטי הוצגה השפעת מפלגת הפועלים המאוחדת (מפ"ם) על הפלמ"ח כאיום על סמכות הממשלה ואחדות הצבא.
מאז תחילת יולי 1948, כאשר איים בהתפטרות, הצליח דוד בן-גוריון, ראש הממשלה ושר הביטחון, להשליט את רצונו בכל הנוגע למבנה הצבא ושאלת כפיפותו לדרג המדיני. בן-גוריון הכין את הרקע לפירוק הפלמ"ח בשני מישורים: במישור הצבאי חתר להוכיח שמטה הפלמ"ח התרוקן מתפקידיו ועל כן יש לפרקו כמסגרת שחלף זמנה. במישור הפוליטי הוצגה השפעת מפלגת הפועלים המאוחדת (מפ"ם) על הפלמ"ח כאיום על סמכות הממשלה ואחדות הצבא. במסגרת הכנותיו לפירוק הפלמ"ח, דאג בן-גוריון לנטרל את התנגדות התנועות ההתיישבותיות, על-ידי הקמת הנח"ל, כגוף שהותאם לצורכיהן והיה נייטראלי מבחינה פוליטית. בכך הוחלשה התנגדותן של התנועות המזוהות עם מפ"ם (הקיבוץ הארצי ורוב הקיבוץ המאוחד).
ב- 14 בספטמבר 1948 נפגש בן-גוריון עם מפקדי הפלמ"ח, כדי לעמוד מקרוב על תגובות המפקדים לרעיון הפירוק (אולי גם לנסות לשכנעם כי הדבר נחוץ) וכדי להפחית את הזעזוע כאשר תינתן פקודת הפירוק. כאשר העלו המפקדים טיעונים של הצטיינות צבאית, ענה בן-גוריון שאין לייחד תכונה זו לפלמ"ח, אלא להקנותה לצבא כולו. כאשר הועלו נימוקים פוליטיים (הפלמ"ח כמחסום בפני המחתרות הפורשות - פרשת הספינה 'אלטלנה' אירעה בסוף יוני 1948), טען בן-גוריון כי אין זה רלוונטי. ישנם חוקרים הטוענים כי בן-גוריון היה נחוש בדעתו לפרק את הפלמ"ח זמן רב לפני המפגש הזה. ב- 29 בספטמבר 1948 הורה בן-גוריון לרמטכ"ל יעקב דורי לפרק את מטה הפלמ"ח. במכתבו לרמטכ"ל טען בן-גוריון שבעוד שצה"ל קיים על פי פקודת ההקמה מה- 31 במאי 1948, מטה הפלמ"ח מתקיים מבלי שקיבל סמכות מהממשלה או מהמטכ"ל. בכך שלל בן-גוריון את הלגיטימציה ממוסדות צבאיים שפעלו לפני הקמת צה"ל, בהציבו את הפלמ"ח (שהיה נאמן להנהגה לכל אורך הדרך) בשורה אחת עם המחתרות (האצ"ל והלח"י), שמרדו בסמכות המוסדות הלאומיים.
בעקבות הוראתו של בן-גוריון פירסם הרמטכ"ל ב- 7 באוקטובר 1948 פקודה, המורה למטה הפלמ"ח להתפרק עד ל- 15 באוקטובר. שלוש חטיבות הפלמ"ח ('הראל', 'יפתח' וחטיבת הנגב) הוכפפו ישירות לפיקוד העליון. היחידות המינהליות שהיו חלק ממטה הפלמ"ח: יחידת הקליטה והמיון של המתגייסים, מחנה הנופש ומחלקת הסעד של הפלמ"ח (אם כי חלק ממנה המשיך לפעול עד פברואר 1949) הועברו לרשות המטכ"ל. הוויכוח הציבורי שהתעורר בעקבות הפקודה, דחה את ביצועה עד ל- 7 בנובמבר 1948.
למרות המחלוקת הקשה, התבצע הפירוק תוך ציות מלא וללא כל ניסיונות מרד. הוא הסתיים בכנס הפרידה ב- 9 בנובמבר בקיבוץ גבעת-ברנר. בן-גוריון הדגיש בהזדמנויות שונות, כי פירוק מטה הפלמ"ח אין משמעותו פירוק הפלמ"ח. את פירוש הדבר למדו על בשרם לוחמי הפלמ"ח מאוחר יותר.
ב- 14 בספטמבר 1948 נפגש בן-גוריון עם מפקדי הפלמ"ח, כדי לעמוד מקרוב על תגובות המפקדים לרעיון הפירוק (אולי גם לנסות לשכנעם כי הדבר נחוץ) וכדי להפחית את הזעזוע כאשר תינתן פקודת הפירוק. כאשר העלו המפקדים טיעונים של הצטיינות צבאית, ענה בן-גוריון שאין לייחד תכונה זו לפלמ"ח, אלא להקנותה לצבא כולו. כאשר הועלו נימוקים פוליטיים (הפלמ"ח כמחסום בפני המחתרות הפורשות - פרשת הספינה 'אלטלנה' אירעה בסוף יוני 1948), טען בן-גוריון כי אין זה רלוונטי. ישנם חוקרים הטוענים כי בן-גוריון היה נחוש בדעתו לפרק את הפלמ"ח זמן רב לפני המפגש הזה. ב- 29 בספטמבר 1948 הורה בן-גוריון לרמטכ"ל יעקב דורי לפרק את מטה הפלמ"ח. במכתבו לרמטכ"ל טען בן-גוריון שבעוד שצה"ל קיים על פי פקודת ההקמה מה- 31 במאי 1948, מטה הפלמ"ח מתקיים מבלי שקיבל סמכות מהממשלה או מהמטכ"ל. בכך שלל בן-גוריון את הלגיטימציה ממוסדות צבאיים שפעלו לפני הקמת צה"ל, בהציבו את הפלמ"ח (שהיה נאמן להנהגה לכל אורך הדרך) בשורה אחת עם המחתרות (האצ"ל והלח"י), שמרדו בסמכות המוסדות הלאומיים.
בעקבות הוראתו של בן-גוריון פירסם הרמטכ"ל ב- 7 באוקטובר 1948 פקודה, המורה למטה הפלמ"ח להתפרק עד ל- 15 באוקטובר. שלוש חטיבות הפלמ"ח ('הראל', 'יפתח' וחטיבת הנגב) הוכפפו ישירות לפיקוד העליון. היחידות המינהליות שהיו חלק ממטה הפלמ"ח: יחידת הקליטה והמיון של המתגייסים, מחנה הנופש ומחלקת הסעד של הפלמ"ח (אם כי חלק ממנה המשיך לפעול עד פברואר 1949) הועברו לרשות המטכ"ל. הוויכוח הציבורי שהתעורר בעקבות הפקודה, דחה את ביצועה עד ל- 7 בנובמבר 1948.
למרות המחלוקת הקשה, התבצע הפירוק תוך ציות מלא וללא כל ניסיונות מרד. הוא הסתיים בכנס הפרידה ב- 9 בנובמבר בקיבוץ גבעת-ברנר. בן-גוריון הדגיש בהזדמנויות שונות, כי פירוק מטה הפלמ"ח אין משמעותו פירוק הפלמ"ח. את פירוש הדבר למדו על בשרם לוחמי הפלמ"ח מאוחר יותר.