הקמת חיל הים ופרוק הפלי"ם

עם פרוץ מלחמת העצמאות עלתה על הפרק שאלת הקמתו של חיל-הים. כבר בינואר 1948 החל בן-גוריון, האחראי על נושא הביטחון בהנהלת הסוכנות, לבדוק תוכניות שונות שהוגשו לו, וביניהן הצעתו של מטה הפלמ"ח, שזכתה לאישורו של ייגאל ידין (ראש אגף המבצעים במטכ"ל) ולתמיכתו של ראש המפקדה הארצית, ישראל גלילי. יוזמי ההצעה סברו כי יש לנצל את גדוד המטה של הפלמ"ח - הגדוד הרביעי - ולבנות מתוכו את מיפקדת חיל-הים העומד לקום. במסגרת הגדוד הרביעי של הפלמ"ח התנהלה רוב הפעילות הימית של אירגון ההגנה. אל גדוד זה התנקזו מרבית בוגרי אגודות הספורט ובתי הספר הימיים ובמסגרתו התקיימו הקורסים השונים לחובלים, למפקדי סירות ולימאים. בפברואר 1948 נכללו בפלי"ם (שהיווה חלק מהגדוד הרביעי) 368 ימאים, מתוכם 80 בוגרי קורס חובלים. על פי הצעת מטה הפלמ"ח היו אנשים אלה אמורים להוות את הגרעין לחיל-הים (שנקרא אז 'השירות הימי'), ומפקד הגדוד הרביעי- יוסף טבנקין- מפקד החיל. על פי הצעה זו ימשיך חיל הים העתיד לקום להיות כפוף למטה הפלמ"ח.
בן-גוריון התנגד להצעה זו. בהתאם לתפיסתו הכוללת לגבי מבנה הצבא, הוא שאף להקים את חיל-הים כחייל מקצועי נפרד לחלוטין, דוגמת חיל האוויר. הוא דחה את הצעת מטה הפלמ"ח, אף על פי שאושרה על ידי המטכ"ל.