היחסים עם בית"ר

המחלוקת הפוליטית בארץ בין מוסדות היישוב המאורגן לבין האצ"ל, הייתה הגורם העיקרי לסידרת סכסוכים שפרצו בקפריסין בין מוסדות המעפילים לבין תנועת בית"ר (שהייתה מזוהה עם השקפות האצ"ל). בעניינים מסויימים, כגון: שיגור שליחי בית"ר מהארץ, מערכת החינוך ב'כפר הנוער' וקיום טקסים ותהלוכות במחנות, התפתחו הסכסוכים לתקריות אלימות. סכסוכים התגלעו גם בין אירגון 'שורות- המגינים' לבין האירגון המקביל של בית"ר. בית"ר הייתה התנועה היחידה שלא השתתפה בפעילות אירגון 'שורות-המגינים' (אנשיה השתתפו בו בימיו הראשונים אך עד מהרה פרשו ממנו) והקימה ארגון מקביל בשם: "הכשרה הגנתית". עימותים חריפים בין חברי 'שורות-המגינים' (בהם לקחו חלק גם שליחי הפלמ"ח) לבין הבית"רים, התלקחו בעקבות ויכוחים על זכויות שימוש במגרש האימונים במחנה 65 (ינואר 1948), על חלוקת רישיונות העלייה לעולים בגיל הגיוס (מרס 1948) ועל הסמכות להשלטת סדר ומשמעת במחנות (מרס 1948).