המחלוקת המהותית - מדינית
אנשי 'המוסד' גרסו, בדרך כלל, כי די בהתמדה בהעפלה חרף הקשיים והמכשולים. העמדה המקובלת בפלמ"ח הייתה - לעומת זאת - שנחוץ לנהל גם מאבק אקטיבי של המעפילים נגד כוחות הביטחון הבריטים.
בתחום המהותי גרסו בדרך כלל אנשי 'המוסד' כי די בהתמדה בהעפלה חרף הקשיים והמכשולים. העמדה המקובלת בפלמ"ח אמרה לעומת זאת: נחוץ לנהל גם מאבק אקטיבי של המעפילים נגד כוחות הביטחון הבריטים - מאבק שבו אזרחים בלתי מיומנים וללא נשק נלחמים בצבא מאומן וחמוש על-אף הסיכוי המועט למנוע את תפיסת האונייה והגליית מעפיליה לקפריסין.
הדילמה החריפה עוד יותר כאשר היישוב בארץ צימצם את פעילותו במאבק ההעפלה והשאירה כמעט למעפילים בלבד.
המתיחות בין הפלמ"ח ל'מוסד' התגלתה לראשונה בנוגע לשיטת המאבק בפרשת "לה ספציה". בפרשה זו נקט יהודה ארזי, אשר עמד בראש 'המוסד' באיטליה, דרך מתונה: תענית משותפת של המעפילים. יגאל אלון, מפקד הפלמ"ח, גינה אותה כתגובה פסיבית וגלותית, אף שלימים הודה בהצלחתה.
בחודשים יוני-יולי 1946, גובשה ב'מוסד' ובפלמ"ח סידרת תכסיסים שאמורה הייתה להפחית את מספר אוניות המעפילים הנתפסות ומוחרמות בידי הבריטים. אלון טען ש'המוסד' קיים רק חלק מההסכמות, ובכך קטנו הסיכויים לפרוץ את הסגר הבריטי על חופי הארץ ונפגעה המגמה להקנות אופי לוחמני יותר לאוניות המעפילים.
הדילמה החריפה עוד יותר כאשר היישוב בארץ צימצם את פעילותו במאבק ההעפלה והשאירה כמעט למעפילים בלבד.
המתיחות בין הפלמ"ח ל'מוסד' התגלתה לראשונה בנוגע לשיטת המאבק בפרשת "לה ספציה". בפרשה זו נקט יהודה ארזי, אשר עמד בראש 'המוסד' באיטליה, דרך מתונה: תענית משותפת של המעפילים. יגאל אלון, מפקד הפלמ"ח, גינה אותה כתגובה פסיבית וגלותית, אף שלימים הודה בהצלחתה.
בחודשים יוני-יולי 1946, גובשה ב'מוסד' ובפלמ"ח סידרת תכסיסים שאמורה הייתה להפחית את מספר אוניות המעפילים הנתפסות ומוחרמות בידי הבריטים. אלון טען ש'המוסד' קיים רק חלק מההסכמות, ובכך קטנו הסיכויים לפרוץ את הסגר הבריטי על חופי הארץ ונפגעה המגמה להקנות אופי לוחמני יותר לאוניות המעפילים.