המחלוקת בנושא הסמכות הפיקודית

מהמחלוקת על אופן ההתנגדות נגזרה המחלוקת על הסמכות הפיקודית שלה. יצחק שדה ואלון חתרו להעמיד נציג מטעם הפלמ"ח בראש פעילי הפלמ"ח באירופה. אלון גרס שהסמכות הפיקודית באוניות המעפילים הינה של המלווים מהפלמ"ח, ולכן אירגון ההתנגדות חייב להיות באחריותו המבצעית של מטה הפלמ"ח, כחלק מהפעילות הצבאית המוגבלת שהותרה לו מטעם ההנהגה המדינית במאבק ההעפלה. הנהגת 'המוסד' סירבה בתוקף להכניס גורם סמכות אחר לתחום פעולתה, ודחתה את כוונתו של אלון לעגן את ההתנגדות בהוראות קבע למלווים.
בחודשים האחרונים של שנת 1946 ובמהלך 1947, עיבד מטה הפלמ"ח תוכנית התנגדות מקפת באוניות המעפילים. לימים טען אלון שכל הסעיפים בתוכנית שהיו בגדר סמכותו של מטה הפלמ"ח בוצעו - בשלמותם או בחלקם - על-ידי ימאי הפלמ"ח ושליחיו, בעוד שקשיים ארגוניים וכספיים שבאו מצידו של 'המוסד', ושלילת העיקרון של התנגדות המעפילים על-ידי חלק מאנשיו, פגעו בהצלחת התוכנית במלואה.
בפרשת החזרת המעפילים שנתפסו באונייה 'אקסודוס', זכתה שיטת ההתנגדות הפסיבית (הימנעות מירידה מספינות הגירוש בהגיען לנמל המבורג) להד תעמולתי רב, ואילו ניסיון החבלה באחת מאוניות הגירוש ('אמפייר רייוול') שנעשה ביוזמתם של מלווי האוניות מהפלמ"ח והפלמ"חאים בצרפת (תוך התנגדותם של שליחי 'המוסד' בצרפת) - לא השיג תוצאות חיוביות.
מכאן ואילך נאלצו אנשי הפלמ"ח להשלים בלית ברירה עם הוראת הדרג המדיני ולקיים התנגדות פסיבית ומוגבלת בלבד באוניות המעפילים.