עימות אלים עם הבריטים

השבוע האחרון של הפלגת "כנסת ישראל" נוצל להכנות קדחתניות לקראת ההתנגשות הצפוייה עם הבריטים. כ- 2,000 איש חולקו למשמרות שנערכו להגנה היקפית על האונייה ותירגלו תפיסת עמדות. לצורך ההתגוננות רוכזו אלות, בקבוקים, חתיכות של כבלי פלדה, צינורות לחץ להתזת סילוני מי ים וקופסאות תבערה ספוגות בדלק. מפקד האונייה, המבורגר, שיגר מברקים לממונים עליו ב'מוסד', וכן, בניגוד למקובל, גם למטכ"ל ה'הגנה' ולמטה הפלמ"ח, בהם דיווח על ההכנות המקיפות, וקרא להם להירתם להכנת תגובה מקבילה והולמת בחופי הארץ עם הגעת "כנסת ישראל".
על-פי התוכנית, אמורה הייתה "כנסת ישראל" להוריד את מעפיליה בחוף נהרייה. ב- 24 בנובמבר גילה את האונייה מטוס סיור בריטי. משחתת בריטית איתרה אותה עוד באותו יום, ובהמשך החליפוה שלוש משחתות אחרות. הבריטים ניסו תחילה להפנות את "כנסת ישראל" ישירות לקפריסין, אולם במהלך המשא-ומתן הבהיר המבורגר למפקד השייטת כי בכוונת המעפילים להיאבק. האונייה המוקפת פנתה בהתאם להוראות שקיבלה ממטה 'המוסד' ישירות לנמל חיפה. עם כניסתה לתחום המים הטריטוריאלים, הותר לצוות השתלטות קטן של חיילי הצי לעלות ל"כנסת ישראל" והם ירדו מהאונייה עם הגעתה לנמל חיפה ב- 26 בנובמבר. במקומם עלו לאונייה חיילים אחרים, והחלו במלאכת הורדת המעפילים. הם נתקלו בהתנגדות קשה. באונייה התפתחה תיגרה המונית. החיילים, מצויידים באלות, הסתערו בחיפוי גז מדמיע ויריות הפחדה שנורו מעל לראשי המעפילים. המעפילים השליכו לעברם את החפצים שהוכנו מבעוד מועד.
במהלך העימות האלים שארך שלוש שעות, ירו חיילים בנשקם האישי לתוך ההמון. כתוצאה מהירי נהרג המעפיל בן ה- 16, אייזיק (יצחק) רוזנבאום, ועשרות נפצעו. במהלך התיגרה נפצעו גם כמה עשרות חיילים בריטים. המאבק הוכרע כאשר חדר גז מדמיע לתוך המחסנים שמתחת לסיפון, מקום בו הצטופפו הנשים עם הילדים, וחלקם אף קפץ למים בניסיון להימלט מצריבת הגז.
המעפילים הועברו לאוניות הגירוש "אמפייר רייוול", אמפייר הייווד" ו"אושן וויגור". אך גירושם לקפריסין התעכב משך שלושה ימים עקב עתירה שהוגשה לבית-הדין העליון בשם המעפילים, ביוזמת הסוכנות היהודית, שנועדה לבטל את גירושם. העתירה לא נענתה. עם פירסום פסק-הדין, ב- 29 בנובמבר, הפליגו אוניות הגירוש לקפריסין. המעפילים שוכנו במחנות מס' 61 ו- 62 בפמגוסטה. יואש צידון וראובן הירש עברו עם המעפילים לקפריסין. יוסף המבורגר הסתתר באונייה וחולץ לאחר מכן.
המשורר נתן אלתרמן הקדיש את שירו "חלוקת תפקידים", שפורסם ב"טור השביעי" בעיתון 'דבר' ב- 13.12.46, לפרשת התנגדותם של מעפילי "כנסת ישראל" שלא זכתה להיענות מצד היישוב בארץ (כתביעתו של המבורגר) - להתגייס במקביל ולהשתתף באופן אקטיבי במאבק ההעפלה.